cDNA microarray样品萤光标定法的比较[ | ]
在进行样本标定时，则是将样本的mRNA经反转录成cDNA，或是再进行试管外转录（in vitro transcription）增量样本时，以萤光物质（Cy3 or/and Cy5）、生物素（biotin）、或是放射性同位素进行标定。目前标定的方式有三种：Direct labeling、aminallyl indirect labeling and Genisphere 3cDNA labeling。此处仅就Direct labeling and Genisphere 3cDNA labeling两种方法讨论。
在Direct labeling的方法中，因为cDNA合成时仅能容许部分nucleotide带有萤光，单位萤光较3cDNA indirect labeling少，故在实验一开始需要较多的RNA。
有文献报告，分别以direct and 3cDNA两种方式标定上Cy3 and Cy5，与芯片上的probe hybridization，再利用电脑把两种萤光的强度作为两轴，绘出图形的图形相比较，以3cDNA indirect labeling的方法可得到较高的R square值(R2=0.92)，而direct labeling的方式所得的R square 值仅有0.6~0.8，推测可能是由于nonspecific hybridization所造成。 虽然direct labeling的方式敏感度较低，但是它的步骤简单，可以减低因操作过程产生的误差，反之，3cDNA indirect labeling的步骤较多，在操作过程中更需要小心谨慎，减少误差。
Reference[ | ]
‧Yu J, Othman MI, Farjo R, Zareparsi S, MacNee SP, Yoshida S, Swaroop A (2002) "Evaluation and optimization of procedures for target labeling and hybridization of cDNA microarrays." Mol Vis. 26;8:130-7.