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cDNA microarray樣品螢光標定法的比較 编辑

在進行樣本標定時,則是將樣本的mRNA經反轉錄成cDNA,或是再進行試管外轉錄(in vitro transcription)增量樣本時,以螢光物質(Cy3 or/and Cy5)、生物素(biotin)、或是放射性同位素進行標定。目前標定的方式有三種:Direct labeling、aminallyl indirect labeling and Genisphere 3cDNA labeling。此處僅就Direct labeling and Genisphere 3cDNA labeling兩種方法討論。

在Direct labeling的方法中,因為cDNA合成時僅能容許部分nucleotide帶有螢光,單位螢光較3cDNA indirect labeling少,故在實驗一開始需要較多的RNA。

有文獻報告,分別以direct and 3cDNA兩種方式標定上Cy3 and Cy5,與晶片上的probe hybridization,再利用電腦把兩種螢光的強度作為兩軸,繪出圖形的圖形相比較,以3cDNA indirect labeling的方法可得到較高的R square值(R2=0.92),而direct labeling的方式所得的R square 值僅有0.6~0.8,推測可能是由於nonspecific hybridization所造成。 雖然direct labeling的方式敏感度較低,但是它的步驟簡單,可以減低因操作過程產生的誤差,反之,3cDNA indirect labeling的步驟較多,在操作過程中更需要小心謹慎,減少誤差。

Reference 编辑

‧Yu J, Othman MI, Farjo R, Zareparsi S, MacNee SP, Yoshida S, Swaroop A (2002) "Evaluation and optimization of procedures for target labeling and hybridization of cDNA microarrays." Mol Vis. 26;8:130-7.

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